1. Svätá omša   

Ťažiskom duchovného života je slávenie Eucharistie. Aby sme k nej našli hlbší vzťah, liturgický týždenný plán počíta so svätou omšou v našej seminárnej kaplnke každý deň. Svätá omša je znakom a prejavom pripravenosti sláviť bohoslužbu s tými, s ktorými človek žije a je na ceste stať sa kňazom. Vo vybrané (slávnostné) dni sa svätá omša slúži vo väčšom spoločenstve v Katedrále – Bazilike sv. Emeráma na Nitrianskom hrade.     

2. Liturgia hodín

Pri vysviacke diakonov kandidát sľubuje svojmu biskupovi, že sa bude pravidelne modliť liturgiu hodín. Počas pobytu v seminári sa tomu učíme krok za krokom. Z tohto dôvodu sú rôzne časti liturgie hodín súčasťou nášho denného programu.

3. Čítanie Svätého písma 

Neodmysliteľnou súčasťou kňazského života je čítanie a spoznávanie Svätého písma. Z tohto dôvodu by si každý seminarista mal vyhradiť denne aspoň 30 minút na štúdium Písma, aby mohol nerušene rozjímať o Božom slove a vkladať ho do modlitby. Pomôckou sú aj „punktá“ – body na rozjímanie nad Božím slovom, ktoré pre seminaristov pravidelne pripravujú otcovia špirituáli.

4. Duchovné čítanie

Seminaristovi sa odporúča denná meditácia, ako aj duchovné čítanie, ktoré by malo presahovať rámec povinnej lektúry Svätého písma.

5. Vzory svätých

Seminaristom sa odporúča, aby čítali životopisy svätých a povzbudený ich príkladom, aby hľadali impulzy pre svoj vlastný kresťanský/duchovný život.
 
6. Mesačná duchovná obnova

Mesačná duchovná obnova s prednáškami v seminárnej kaplnke a sprievodným programom má ponúknuť seminaristom impulzy na organizáciu, pestovanie a dozrievanie vlastného duchovného života.

7. Duchovný rozhovor

Individuálne rozhovory so špirituálmi ako duchovnými vodcami, sú veľmi potrebnou súčasťou formačného úsilia v kňazskom seminári. Obsahom týchto rozhovorov je napredovanie v duchovnom živote, prístup k Liturgii hodín a iným formám modlitby, aktuálne problémy v seminári, ujasnenie si povolania a ďalšie témy prispôsobené osobnosti a charakteru jednotlivého seminaristu.

8. Duchovné sprevádzanie

Mnohé otázky, problémy, ale aj radosti na ceste stať sa kňazom sa nedajú a ani by sme ich nemali riešiť len svojpomocne. Preto má každý seminarista svojho duchovného vodcu, ktorého pravidelne navštevuje. Seminarista by mal mať možnosť rozprávať sa s ním o všetkom, čo má na srdci; duchovný vodca bude na jeho ceste ku kňazstvu vždy s dôverou stáť po jeho boku. Okrem toho je možné u neho prijať sviatosť zmierenia. Duchovné  sprevádzanie je povinné pre každého seminaristu. Svojho duchovného vodcu si seminaristi vyberajú sami z viacerých biskupmi poverených kňazov.